分子蒸餾儀在石油化工、食品、醫藥、香精香料精細化工等領域均有運用，尤其在天然產物及熱敏性物料的分離純化方面得到廣泛的應用。例如精制魚油的提取，魚油中的EPA、DHA主要從海產魚油中提取，采用分子蒸餾的魚油產品色澤好、氣味純正、過氧化值低。此外還有天然色素、天然維生素、天然揮發精油的提取，都用到分子精餾。而在石油化工領域，可以用于合成潤滑油基礎油的精制處理，還有用于油品分析，應用在減壓餾分油的深拔領域。醫藥領域用于藥物或者中間體的提純。

　　當液體混合物沿加熱板流動并被加熱，輕、重分子會逸出液面而進入氣相，由于輕、重分子的自由程不同，因此，不同物質的分子從液面逸出后移動距離不同，若能恰當地設置一塊冷凝板，則輕分子達到冷凝板被冷凝排出，而重分子達不到冷凝板沿混合液排出。這樣，達到物質分離的目的。

　　分子蒸餾儀的過程：

　　物料從蒸發器的頂部加入，經轉子上的料液分布器將其連續均勻地分布在加熱面上，隨即刮膜器將料液刮成一層極薄、呈湍流狀的液膜，并以螺旋狀向下推進。在此過程中，從加熱面上逸出的輕分子，經過短的路線或幾乎未經碰撞就到內置冷凝器上冷凝成液，并沿冷凝器管流下，通過位于蒸發器底部的出料管排出；殘液即重分子在加熱區下的圓形通道中收集，再通過側面的出料管中流出。